Hai mươi nghìn năm sau sự sụp đổ của loài người, Trái đất không chống nổi quân đoàn của những sinh vật hung hãn hiện đang tự do lang thang trên hành tinh. Xa xôi trong không gian sâu thẳm, những thành viên cuối cùng còn sống sót của loài người trôi nổi không mục đích trên cùng một con tàu mà họ đã trốn thoát khỏi Trái đất rất nhiều năm trước. Với việc con tàu vũ trụ đang cạn kiệt tài nguyên một cách nguy hiểm, hội đồng lãnh đạo của những người sống sót phải quyết định con đường phía trước của họ: họ có nên tiếp tục đánh cược vào việc tìm một hành tinh giống Trái đất khác để sinh sống hay ghi nhớ một bài luận ẩn danh đưa ra giả thuyết về điểm yếu duy nhất có thể là gì của “Godzilla”, kẻ đã buộc những tàn dư cuối cùng của loài người rời khỏi thế giới quê hương của họ? Tác giả của bài luận gây tranh cãi là Haruo Sakaki, một người đàn ông đã chứng kiến cái chết của cha mẹ mình đối với Godzilla khi còn nhỏ, điều này đã khiến anh nuôi dưỡng lòng căm thù ám ảnh đối với con quái vật này. Giờ đây, anh dẫn đầu chiến dịch nhằm giành lại quyền thừa kế của loài người từ tay vua quái vật và tiêu diệt hắn một lần và mãi mãi. Tuy nhiên, cùng với loài người, Trái đất đã trải qua những thay đổi mạnh mẽ kể từ khi họ ra đi; Godzilla và vô số lứa sinh sản của nó có thể mờ nhạt so với bóng tối ẩn nấp trong trái tim của cộng đồng những người sống sót gắn bó chặt chẽ này.